In Vliegtuig volgen we parallelle verhaallijnen die in één punt samenkomen. Vera krijgt in de proloog telefonisch te horen dat haar man Walter haar heeft verlaten voor een veel jongere vrouw. Ontredderd, woedend en vol whisky probeert ze grip te krijgen op haar nieuwe werkelijkheid. Ondertussen stort in Polen een Russische piloot, Andrej, neer nadat hij zijn schietstoel heeft gebruikt zijn onbemande toestel vliegt door richting West‑Europa, wat in de VS en België paniek veroorzaakt wanneer het radarsysteem een onbekend vliegtuig detecteert.
Terwijl Amerikaanse en Belgische autoriteiten twisten over hoe te reageren, raakt Vera verzeild in een emotionele clash met Walters minnares Carla en later met haar zoon Peter, die onverwacht volwassen en veranderd thuiskomt. Intussen probeert journalist Delmotte het luchtruim‑verhaal in de krant te krijgen.
Uiteindelijk blijkt het dolende Russische vliegtuig op koers te liggen naar Kortrijk precies richting Vera’s huis en haar zoon Peter. Terwijl straaljagers achter het toestel aanzitten, beseft Vera dat ze alles kan verliezen, net wanneer Peter op zolder vol hoop aan zijn nieuwe toekomst begint.