De jongen in de gestreepte pyjama begint in Berlijn in 1943. Als de negenjarige Bruno op een dag uit school komt, zijn al zijn spullen in kratten gepakt. Hun nieuwe huis staat naast een hek dat zich uitstrekt zover het oog reikt, een hek dat Bruno afschermt van de vreemde mensen die hij daarachter ziet bewegen. Op een van zijn ontdekkingstochten ontmoet Bruno een jongen wiens leven en omstandigheden zeer verschillen van die van hem. Toch sluiten de jongens vriendschap, maar het is een vriendschap die niet zonder gevolgen blijft...